使用实体表格和应用模板批量运行分析任务基因分析平台

本文通过实际案例,展示了如何使用实体表格和应用模板,来批量投递的10个样本的分析运行任务。

假设用户有10个全基因组测序的样本数据需要分析,我们通过以下步骤详细介绍如何通过基因分析平台来“一键”高效简便的完成所有工作。

创建batch-submit-demo工作空间,如已有可用工作空间也可忽略该步骤。

使用命令行工具ossutil64,将本地文件上传到工作空间对应的OSS Bucket中。

使用ossutil64将本地reads文件上传到基因分析平台中。

上传完成后,在工作空间中可以浏览文件。

按照演示的目的,我们定义了dna-variant-calling分析应用输入所需要的样本属性。

name:应用的名字

FASTQ1:样本测序数据的read_1

FASTQ2: 样本测序数据的read_2

bam:样本输出的BAM

metrics:样本输出的度量信息

vcf:样本输出的VCF

在“工作空间 -表格”中添加sample的实体类型。

查看sample实体表格数据。

在应用页面中选择dna-variant-calling应用来创建分析模板。点击右侧“更多”,选择创建模板:

选择sample作为模板的根实体类型。

对于dna-variant-calling应用分析的必须参数,通过实体表达式和固定值来填充,确保满足运行条件。

同时可以直接在输出中填充表格列,来保存运行任务完成后的分析结果。

提交后即可获得为指定应用设计好的运行模板。

点击“启动”模板,只需要选择需要分析的样本(sample)即可投递任务,无需再指定其他运行参数。

投递完成后,即可生成投递记录。通过暂定和恢复投递记录,即可批量管理该投递解析生成的所有运行任务。

运行任务的结果会被写回表格中,可以通过查看或下载表格,获得这一批样本的分析结果。

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THE END
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